La prueba de aliento permite detectar si existe malabsorción o intolerancia a la lactosa. Para ello, se administra lactosa como sustrato, y si esta llega intacta al intestino grueso, es metabolizada por la microbiota intestinal. Durante este proceso se generan gases como hidrógeno y metano, los cuales pasan al torrente sanguíneo y son transportados hasta los pulmones, donde se eliminan a través del aire espirado. Un aumento en la concentración de estos gases en el aliento indica la presencia de intolerancia a la lactosa.
Cuando la lactosa no se absorben bien, llegan al colon sin digerir. Allí, la microbiota intestinal los fermenta, produciendo gases como hidrógeno (H₂), dióxido de carbono (CO₂) y metano (CH₄).